Arbre généalogique 
La branche
cadette des comtes de Bourgogne :
Etienne Ier de Bourgogne (1065-1102),
fils de Guillaume Ier de Bourgogne, comte de Bourgogne et comte de Mâcon, et d'Étiennette de Bigorre, comte de Varasque (1085-1102), comte de Bourgogne
ép. Béatrice de Fouvent, fille de Gérard III de Fouvent, comte de Fouvent, et de Hadwide
Guillaume IV de Bourgogne (1095-1155),
fils d'Etienne Ier de Bourgogne et de Béatrice de Fouvent,
comte de Mâcon (1102-1155), comte d'Auxonne (1127-1155), comte de Bourgogne (1148-1152)
ép. Ponce de Traves, dame de Traves, fille de Thibaud de Traves, seigneur de Traves, connétable de Bourgogne, et d'Alix
Etienne II de Bourgogne (?-1173),
fils de Guillaume IV de Bourgogne et de Ponce Traves, comte d'Auxonne (1155-1173), seigneur de Traves (1156-1173), seigneur de Scey-sur-Saône
ép. Judith de Lorraine, fille de Mathieu Ier de Lorraine, duc de Lorraine, et de Berthe de Souabe
Etienne III de Bourgogne (?-1241),
fils d'Etienne II de Bourgogne et de Judith de Lorraine, comte d'Auxonne et seigneur de Traves et seigneur de Scey-sur-Saône (1173-1237)
ép.
Béatrice de Thiers, comtesse de Chalon-sur-Saône,
fille de Guillaume II de Thiers, comte de Chalon-sur-Saône, et de Ne,
puis Blandine de Cicon, fille de Barthélémy de Cicon, et de Ne,
puis Agnès de Dreux, fille de
Robert II de Dreux, comte de Dreux et comte de Braine, et de Yolande de Coucy
Le fondateur de la famille :
Jean l'Antique ou le Sage (1190-1268),
fils d'Etienne III de Bourgogne et de Béatrice de Thiers, comte de Chalon-sur-Saône (1228-1237),
échange en 1237 le comté de Chalon contre la seigneurie de Salins avec le duc Hugues IV de Bourgogne,
cède en 1237 les seigneuries de Traves et de Scey-sur-Saône à Alix de Dreux,
seigneur de Salins et seigneur d'Arlay et seigneur de Rochefort et seigneur d'Arinthod (1237-1268)
ép. Mahaut de Bourgogne, fille de Hugues III de Bourgogne,
duc de Bourgogne, et de Béatrix d'Albon, Dauphine du Viennois,
puis Isabeau de Courtenay, fille de
Robert Ier de Courtenay, seigneur de Champignelles, et de Mahaut de Mehun, dame de Mehun-sur-Yèvre,
puis Laure de Commercy, fille de Simon II de Commercy, seigneur de Commercy, et de Mathilde de Sarrebrück, comtesse de Sarrebrück
Branche des barons d'Oiselet
Etienne Ier d'Oiselet (1208-1272),
fils d'Etienne III de Bourgogne et de Blandine de Cicon, baron d'Oiselet, seigneur de Flagey, seigneur de Cordiron, seigneur de Frasne
ép. Clémence de Faucogney, fille d'
Aymon II de Vesoul, vicomte de Vesoul, seigneur de Faucogney, et de Ne
Suite de la famille des Oiselet : 
Branche des comtes de Bourgogne
Hugues de Chalon
ou de Bourgogne (1220-1267),
fils de Jean l'Antique, seigneur de Salins, et de Mahaut de Bourgogne, comte
palatin de Bourgogne (1248-1267)
ép. Alix de Méranie, comtesse
palatine de Bourgogne,
fille d'Othon II de Méranie, duc de Méranie et comte
palatin de Bourgogne, et de
Béatrice de Bourgogne, comtesse palatine de Bourgogne
Otton IV de Bourgogne (1236-1303),
fils de Hugues de Chalon et d'Alix de Méranie, seigneur de Salins (1268-1303), comte
palatin de Bourgogne (1279-1303)
ép. Philippe de Bar, fille de Thibaut II de Bar, comte de Bar, et de Jeanne de Toucy,
puis Mahaut d'Artois, comtesse d'Artois, fille de
Robert II d'Artois, comte d'Artois, et d'Amicie de Courtenay
Jeanne II de Bourgogne (1293-1330),
fille d'Otton IV de Bourgogne et de Mahaut d'Artois, dame de Salins (1303-1323), comtesse
palatine de Bourgogne (1307-1330), comtesse d'Artois (1329-1330)
ép. Philippe V le Long,
roi de France et de roi de Navarre, fils de Philippe IV le Bel, roi de France,
et de Jeanne Ière de Navarre, reine de Navarre et comtesse de Champagne
Suite des comtes de Bourgogne : 
Blanche de Bourgogne (1296-1326),
fille d'Otton IV de Bourgogne et de Mahaut d'Artois,
comtesse de la Marche (1314-1322), reine de France et reine de Navarre
(1322-1322)
ép.
Charles IV le Bel,
roi de France et de roi de Navarre, fils de Philippe IV le Bel, roi de France,
et de Jeanne Ière de Navarre, reine de Navarre et comtesse de Champagne, mariage
annulé en 1322
Robert de Bourgogne
(1300-1317),
fils d'Otton IV de Bourgogne et de Mahaut d'Artois
Branche des Chalon-Marigna
Jean Ier de Chalon-Marigna (1230-1266),
fils de Jean l'Antique, seigneur de Salins, et de Mahaut de Bourgogne, seigneur de Marigna-sur-Valouse
ép. Ne, fille de N et de Ne
Poly de Chalon-Marigna (v 1270),
fils de Jean Ier de Chalon-Marigna et de Ne, seigneur de Marigna-sur-Valouse
ép. Ne, fille de N et de Ne
Jean II de Chalon-Marigna (?-1346),
fils de Poly de Chalon-Marigna et de Ne, seigneur de Véria
ép. Marguerite de Présilly, fille de
Fromond de Présilly, seigneur de Présilly, et de Jeanne de Vaudrey
Guillaume de Chalon-Marigna (?-1336),
fils de Jean II de Chalon-Marigna et de Marguerite de Présilly, chevalier
ép. Sibille, fille de N et de Ne
Branche des
comtes d'Auxerre et comtes de Tonnerre
Jean Ier de Chalon-Auxerre (1243-1309),
fils de Jean l'Antique, seigneur de Salins, et d'Isabelle de Courtenay, seigneur de Rochefort et seigneur d'Arinthod 1266-1309),
comte d'Auxerre (1273-1309), seigneur de Châtelbelin (1274-1309)
ép. Élisabeth de Lorraine, fille de Mathieu II de Lorraine, duc de Lorraine, et de Catherine de Limbourg,
puis Alix de Bourgogne, comtesse d'Auxerre, fille d'
Eudes de Bourgogne, comte de Nevers, comte d'Auxerre et comte de Tonnerre, et de
Mahaut de Dampierre, comtesse de Nevers, comtesse d'Auxerre et comtesse de Tonnerre
puis Marguerite de Beaujeu-en-Beaujolais, fille de
Louis de Forez, seigneur de Beaujeu-en-Beaujolais, et d'Éléonore de Savoie
Pierre de Chalon (1245-1274),
fils de Jean l'Antique, seigneur de Salins, et d'Isabelle de Courtenay, seigneur de Châtelbelin (1266-1274)
ép. Béatrice de Savoie, fille d'Amédée IV de Savoie, duc de Savoie, et de Cécile de Baux
Guillaume
Ier de Chalon-Auxerre (1266-1304),
fils de Jean Ier de Chalon-Auxerre et d'Alix de Bourgogne, comte d'Auxerre (1279-1304), comte de Tonnerre (1293-1304)
ép. Éléonore de Savoie, fille d'Amédée V de Savoie, comte de Savoie, et de Sibille de Baugé
Jean II de Chalon-Auxerre (1292-1361),
fils de Guillaume Ier de Chalon-Auxerre et d'Éléonore de Savoie, comte de Tonnerre (1304-1335), comte d'Auxerre (1304-1361),
seigneur de Rochefort et seigneur de Châtelbelin et seigneur d'Arinthod et seigneur d'Orgelet (1309-1361)
ép. Alix de Chalon, fille de Renaud de Chalon, comte de Montbéliard, et de
Guillemette de Neuchâtel, comtesse de Montbéliard
Jeanne de Chalon-Auxerre (1300-1360),
fille de Guillaume Ier de Chalon-Auxerre et d'Éléonore de Savoie,
comtesse de Tonnerre (1335-1360), dame de Ligny
ép. Robert de Bourgogne, seigneur de Grignon, fils de
Robert II de Bourgogne, duc de Bourgogne, et d'Agnès de France
Jean III de Chalon-Auxerre, dit le chevalier Blanc (1318-1379),
fils de Jean II de Chalon-Auxerre et d'Alix de Chalon, comte de Tonnerre (1360-1379), comte d'Auxerre (1361-1370), sénile le comté est administré par son fils,
vend en 1370 le comté d'Auxerre au roi Charles V, seigneur de Dramelay
ép. Marie Crespin, fille de Guillaume VI Crespin, seigneur d'Etrapagny, et de Mahaut de Bommiers
Tristan de Chalon-Auxerre (1324-1369),
fils de Jean II de Chalon-Auxerre et d'Alix de Chalon,
seigneur de Châtelbelin, seigneur de Rochefort, seigneur d'Orgelet, seigneur de Dramelay, seigneur d'Arinthod, seigneur de Montaigu,
seigneur de Beaufort, seigneur de Présilly, seigneur de Valfin (1361-1369)
ép. Jeanne de Vienne, dame de Chay, fille de
Philippe de Vienne, seigneur de Pymont et seigneur de Ruffey, et de Huguette de Sainte-Croix, dame de Chaix
puis Béatrice de La Baume, fille de Guillaume de La Baume, seigneur de l'Abergement, et de Clémence de La Palu
Guillaume II de Chalon-Auxerre (?-1360),
fils de Jean II de Chalon-Auxerre et d'Alix de Chalon,
seigneur de Dramelay, seigneur de Chavannes
ép. Jeanne de Châteauvillain, fille de Jean III de Châteauvillain, seigneur de Châteauvillain, et de Marguerite de Noyers
Jean IV de Chalon-Auxerre (1337-1370),
fils de Jean III de Chalon-Auxerre et de Marie de Crespin,
administrateur du comté d'Auxerre à la place de son père (1366-1367), seigneur de Dramelay
Louis Ier de Chalon-Auxerre, dit le chevalier vert (1339-1398),
fils de Jean III de Chalon-Auxerre et de Marie de Crespin,
comte de Tonnerre, seigneur de Rochefort et seigneur de Montaigu et seigneur de Châtelbelin, seigneur d'Arinthod (1379-1398)
ép. Marie de Parthenay, fille de Guillaume de Parthenay, seigneur de Parthenay, et de Jeanne de Mathefelon
puis Jeanne de la Baume, fille de Guillaume de la Baume, seigneur de l'Abergement, et de Constance Aleman
Guillaume III de Chalon-Auxerre (?-1412),
fils de Jean III de Chalon-Auxerre et de Marie de Crespin, chevalier de Rhodes
Jean VI de Chalon-Auxerre (?-1415),
fils de Jean III de Chalon-Auxerre et de Marie de Crespin, seigneur de Ligny
Jean V de Chalon-Auxerre (?-1396),
fils de Tristan de Chalon-Auxerre et de Jeanne de Vienne, seigneur de Châtelbelin, seigneur de Rochefort, seigneur d'Orgelet, seigneur de Dramelay,
seigneur d'Arinthod, seigneur de Montaigu, seigneur de Beaufort, seigneur de Présilly, seigneur de Valfin, seigneur de Chay (1369-1396)
ép. Jeanne de Ghistelles, fille de Jean VI de Ghistelles, Chambellan de Flandre, seigneur de
Ghistelles, et de Jeanne de Châtillon-St Lambert
Louis II de Chalon-Auxerre (1380-1423),
fils de Louis Ier de Chalon-Auxerre et de Marie de Parthenay, comte de Tonnerre (1398-1410), seigneur de Rochefort et seigneur de Montaigu et
seigneur de Châtelbelin et seigneur d'Arinthod (1398-1424)
ép. Marie de la Trémoille, fille de Guy VI de la Trémoille, comte de Guines, seigneur de Trémoille, seigneur de Jonvelle,
seigneur de Sully sur Loire, et de Marie de Sully, comtesse de Guînes, dame de Sully-sur-Loire
Hugues de Chalon-Auxerre (?-1424),
fils de Louis Ier de Chalon-Auxerre et de Marie de Parthenay, seigneur de Châtelbelin (1423-1424)
ép. Catherine de l'Isle-Bouchard, fille de Jean de l'Isle-Bouchard, seigneur de l'Isle-Bouchard, et de Jeanne de Bueil
Marguerite de Chalon-Auxerre (?-1463),
fille de Louis Ier de Chalon-Auxerre et de Marie de Parthenay, comtesse de Tonnerre (1435-1463)
ép. Olivier de Husson, fils de Geoffroi de Husson, seigneur de ducey, et d'Alix de Melun
Suite des comtes de Tonnerre :
Branche des Chalon-Vignory
Etienne Ier de Chalon-Vignory (1246-1302),
fils de Jean l'Antique, seigneur de Salins, et d'Isabelle de Courtenay, seigneur de Rouvres, seigneur de Vignory,
seigneur de Saint Laurent La Roche (1266-1302)
ép. Jeanne de Vignory, dame de Vignory, fille de Gautier II de Vignory, seigneur de Vignory, et d'Isabelle de Sancerre
Jean de Chalon-Vignory (v 1293),
fils d'Etienne Ier de Chalon-Vignory et de Jeanne de Vignory, seigneur de Vignory
ép. Marguerite de Savoie, fille de Louis Ier de Savoie, baron de Vaud, et de Jeanne de Montfort
Etienne II de Chalon-Vignory (?-1313),
fils d'Etienne Ier de Chalon-Vignory et de Jeanne de Vignory, seigneur de Saint Laurent La Roche
ép. Jeanne de Saint-Vérain, fille de Gibaut II de
Saint-Vérain, seigneur de Saint-Vérain, et de Ne
Branche des Chalon-Arlay - vicomtes
de Besançon et princes d'Orange
Jean Ier de Chalon-Arlay (1258-1315),
fils de Jean l'Antique, seigneur de Salins, et de Laure de Commercy, seigneur d'Arlay (1266-1315), vicomte de Besançon (1295-1315)
ép. Marguerite de Bourgogne, fille de Hugues IV de Bourgogne, duc de Bourgogne, et de Béatrix de Champagne,
puis Alix de Clermont, fille de Raoul II de Clermont, seigneur de Nesle, et d'Alix de Dreux
Hugues Ier de Chalon-Arlay (1288-1322),
fils de Jean Ier de Chalon-Arlay et de Marguerite de Bourgogne, seigneur d'Arlay, seigneur d'Arguel et seigneur de Cuiseaux, vicomte de Besançon (1315-1322)
ép. Béatrice de La Tour du Pin, fille de Humbert Ier de La Tour du Pin, Dauphin de Viennois, et d'Anne de Bourgogne
Jean II de Chalon-Arlay (1312-1362),
fils de Hugues Ier de Chalon-Arlay et de Béatrice de La Tour du Pin, seigneur d'Arlay, seigneur d'Arguel et seigneur de Cuiseaux, vicomte de Besançon (1322-1362)
ép. Marguerite de Mello, fille de Dreux IV de Mello, seigneur de Château-Chinon, seigneur de Saint-Bris, et d'Eléonore de Savoie,
puis Marie de Genève, fille d'Amédée III de Genève, comte de Genève, et de Mahaut de Boulogne
Hugues II de Chalon-Arlay (1334-1392),
fils de Jean II de Chalon-Arlay et de Marguerite de Mello, seigneur d'Arlay et vicomte de Besançon (1362-1392),
vicaire Impérial (1364-1392)
ép. Blanche de Genève, fille d'Amédée III de Genève, comte de Genève, et de Mahaut de Boulogne
Louis Ier de Chalon-Arlay (1337-1366),
fils de Jean II de Chalon-Arlay et de Marguerite de Mello, seigneur d'Arguel et seigneur de Cuiseaux (1361-1366)
ép. Marguerite de Vienne, fille de Philippe de Vienne,
seigneur de Pymont et seigneur de Ruffey, et de Huguette de Sainte-Croix, dame de Chaix
Jean III de Chalon-Arlay (1361-1418),
fils de Louis Ier de Chalon-Arlay et de Marguerite de Vienne, seigneur d'Arlay (1392-1418),
prince d'Orange (1393-1418), vicomte de Besançon, seigneur d'Arguel et seigneur de Cuiseaux (1396-1418), seigneur de Lons le Saunier
ép. Marie des Baux, princesse d'Orange, fille de Raymond IV des Baux, prince d'orange, et de Jeanne de Genève
Henri de Chalon-Arlay (?-1396),
fils de Louis Ier de Chalon-Arlay et de Marguerite de Vienne, seigneur d'Arguel et seigneur de Cuiseaux (1367-1396), vicomte de Besançon (1388-1396)
Hugues III de Chalon-Arlay (?-1426),
fils de Jean III de Chalon-Arlay et de Marie des Baux, seigneur de Cuiseaux (1418-1426)
Louis
II de Chalon-Arlay (1388-1463),
fils de Jean III de Chalon-Arlay et de Marie des Baux, prince d'Orange, seigneur d'Arlay, seigneur d'Arguel et vicomte de Besançon (1418-1463),
Vicaire Impérial (1421-1463), seigneur d'Orbe, seigneur de Lons le Saunier
ép. Jeanne de Montfaucon, dame de Montfaucon, fille de
Henri de Montfaucon, seigneur d'Orbe, et de Marie de Châtillon,
puis Éléonore d'Armagnac, fille de Jean IV d'Armagnac, comte d'Armagnac, et d'Isabelle d'Evreux
Guillaume de Chalon-Arlay (1414-1475),
fils de Louis II de Chalon-Arlay et de Jeanne de Montfaucon, prince d'Orange, seigneur d'Arlay (1463-1475), seigneur de Châtelmaillot, seigneur de Lons le Saunier
ép. Catherine de Bretagne, fille de Richard de Bretagne,
comte d'Étampes, et de Marguerite d'Orléans, comtesse de Vertus
Louis III de Chalon-Arlay (?-1476),
fils de Louis II de Chalon-Arlay et d'Éléonore d'Armagnac, seigneur de Nozeroy,
seigneur de Châtelguyon et seigneur de Lons le Saunier (1463-1476), chevalier de
la Toison d'Or
Hugues IV de Chalon-Arlay (1450-1490),
fils de Louis II de Chalon-Arlay et d'Éléonore d'Armagnac, seigneur de Châtelguyon,
seigneur de Dole et seigneur d'Orbe (1463-1490)
ép. Louise de Savoie, fille d'Amédée IX de Savoie, duc de Savoie, et de Yolande de France
Jean IV de Chalon-Arlay (1443-1502),
fils de Guillaume de Chalon-Arlay et de Catherine de Bretagne, prince d'Orange et seigneur d'Arlay, seigneur de Châtelguyon, seigneur de Lons le Saunier,
seigneur de Mirebel, seigneur de Pymont, seigneur de Rougemont et seigneur de Nozeroy (1475-1502), seigneur de Rochefort et seigneur de Montaigu et seigneur de Châtelbelin (1493-1502)
ép. Jeanne de Bourbon, fille de Charles Ier de Bourbon,
duc de Bourbon, et d'Agnès de Bourgogne,
puis Philiberte de Luxembourg, fille d'Antoine de Luxembourg, comte de Brienne, comte de Ligny et comte de Roucy, et d'Antoinette de Bauffremont, comtesse de Charny
Philibert de Chalon-Arlay (1502-1530),
fils de Jean IV de Chalon-Arlay et de Philiberte de Luxembourg, prince d'Orange et seigneur d'Arlay, seigneur d'Arguel, seigneur de Châtelguyon,
seigneur de Nozeroy, seigneur de Châtelguyon, seigneur de Lons le Saunier, seigneur de Mirebel, seigneur de Pymont, seigneur de Rougemont, seigneur de Rochefort, seigneur de Montaigu,
seigneur de Châtelbelin (1502-1530), Vice-roi de Naples (1525-1530), duc de Gravina, chevalier de la Toison d'Or
Branche des comtes de Montbéliard
Renaud de Chalon (1237-1322),
fils de Hugues de Chalon, comte palatin de Bourgogne, et d'Alix de Méranie, comtesse
palatine de Bourgogne,
comte de Montbéliard (1283-1322)
ép. Guillemette de Neuchâtel,
comtesse de Montbéliard, fille d'Amédée de Neuchâtel,
comte de Neuchâtel, et de Jordane de Grandson, dame de Belmont
Othenin de Chalon (?-1338),
fils de Renaud de Chalon et de Guillemette de Neuchâtel, comte de Montbéliard (1322-1332), faible d'esprit le comté est attribué à sa soeur Agnès
Agnès de Chalon (1295-1367),
fils de Renaud de Chalon et de Guillemette de Neuchâtel, comtesse de Montbéliard (1332-1367)
ép. Henri de Montfaucon,
comte de Montbéliard, fils de
Gauthier II de Montfaucon, seigneur de Montfaucon, et de Mahaut de Chaussin
Suite des comtes de Montbéliard : 
Branche des
Chalon-Montaigu
Jean Ier de Chalon-Montaigu (?-1303),
fils de Hugues de Chalon, comte palatin de Bourgogne, et d'Alix de Méranie, comtesse
palatine de Bourgogne,
seigneur de Montaigu (1267-1303), seigneur de Scey-sur-Saône et seigneur de Jonvelle (1293-1303)
ép. Marguerite de Blamont, fille de Henri Ier de Salm, seigneur de Blamont, et de Cunégonde de Linange
Henri de Chalon-Montaigu (?-1340),
fils de Jean Ier de Chalon-Montaigu et de Marguerite de Blamont, seigneur de Montaigu et seigneur de Scey-sur-Saône et seigneur de Jonvelle (1303-1340)
ép. Mahaut de Champlitte, dame de Lamarche-sur-Saône, dame de Chaussin,
veuve de Gauthier II de Montfaucon, fille de Simon de Champlitte, seigneur de
Chaussin, seigneur de Lamarche-sur-Saône, et d'Egidie de Vienne,
puis Isabeau de Thoire et Villars, fille de Humbert IV de Thoire et Villars, seigneur de Thoire et Villars, et d'Eléonore de Beaujeu
Jean II de Chalon-Montaigu (?-1373),
fils de Henri de Chalon-Montaigu et d'Isabeau de Thoire et Villars, seigneur de Montaigu et seigneur de Scey-sur-Saône et seigneur de Jonvelle (1340-1373)
ép. Marie de Châteauvillain, dame d'Arc-en-Barrois, fille de Jean III de Châteauvillain,
seigneur d'Arc en Barrois, et de Marguerite de Noyers,
puis Marguerite de Joinville, comtesse de Vaudémont, fille de Henri de Joinville, comte de Vaudémont, et de Marie de Luxembourg
Branche des Chalon-Vitteaux
Jean de Chalon-Vitteaux (?-1462),
fils de Jean III de Chalon-Arlay, prince d'Orange, et de Marie de Baux, seigneur de Vitteaux
ép. Jeanne de la Trémoille, dame de Grignon, fille de Gui VIII de la Trémoille, comte de Joigny,
baron de Bourbon-Lancy, seigneur d'Antigny, et de Marguerite de Noyers, comtesse de Joigny,
puis Marie d'Enghien, fille d'Engilbert II d'Enghien, seigneur de Ramerupt, et de Marie d'Antoing
Charles de Chalon-Vitteaux (?-1485),
fils de Jean de Chalon-Vitteaux et de Jeanne de la Trémoille, comte de Joigny (1438-1485), seigneur de Vitteaux (1462-1485)
ép. Jeanne de Banquetin, fille de Jacques de Banquetin, seigneur de Beaupré, et de Marie de Mailly
Bernard de Chalon-Vitteaux (?-1485),
fils de Jean de Chalon-Vitteaux et de Jeanne de la Trémoille, seigneur de Grignon
ép. Marie de Rougemont, fille de Thiébaut VII de Rougemont,
seigneur de Rougemont, et de Gauthière de Saulx
Thibaut de Chalon-Vitteaux (?-1512), fils de Bernard de Chalon-Vitteaux et de Marie de Rougemont, seigneur de Grignon (1485-1512)

|